Ала-Букинский район с центром в селе Ала-Бука образован 2 сентября 1936 года в составе Киргизской АССР, с декабря 1936 года — Киргизской ССР. В 1938—1939 годах входил в состав Джалал-Абадского округа, с 21 ноября 1939 года — Джалал-Абадской области.
С передачей Джалал-Абадской области в состав Ошской области 27 января 1959 года Ала-Букинский район перестал существовать, войдя в состав Джанги-Джольского района.
Район расположен на северо-западе Джалал-Абадской области на границе с 4 районами (Янги-Курганский, Касансайский, Чустский, Папский) Наманганской области Узбекистана.
Состоит из двух частей, разделённых участком Чаткальского района, глубоко вдающимся в сторону границы с Узбекистаном.
В Ала-Букинском районе имеются многочисленные россыпные месторождения золота по реке Терексай, месторождение золота и меди — Бозымчак, месторождение сурьмы — Кассан.